Bonjour Jean-Charles,
A ma connaissance, vous avez la possibilité de "cumuler" les deux statuts : auto entrepreneur et demandeur d'emploi.
Dans ce cas, vous serez affilié auprès des deux régimes de retraite de base : le RSI et le Régime général de la Sécurité sociale.
Ainsi, tant que vous percevrez votre allocation chômage ARE de Pôle emploi, vous pourrez obtenir des trimestres au Régime général de la Sécurité sociale, à raison d'un trimestre pour 50 jours indemnisés.
En parallèle, vous pourrez acquérir des droits auprès du RSI suite aux cotisations versées en fonction de votre chiffre d'affaire.
Pour en savoir plus sur le cumul des allocations chômage et des revenus (dont activités professionnelles non salariées), je vous invite à consulter le lien suivant :
http://www.unedic.org/article/allocation-chomage-conditions-et-calcul
Pour rester affilié au régime général, il faut avant tout avoir la qualité de salarié au sens de la législation de la Sécurité sociale.
Je vous joins un lien listant les différentes formes juridiques des entreprises :
http://www.economie.gouv.fr/entreprises/entreprise-choisir-statut-juridique
Enfin, concernant votre mutuelle, je ne peux que vous conseiller de prendre contact avec votre propre mutuelle pour connaître l'impact de votre changement d'activité, notre domaine d'expertise étant la retraite et non la prévoyance.
Bonne journée,
Catherine, Expert Retraite